Pierwsze wzmianki o próbach tworzenia profesjonalnej orkiestry symfonicznej w Krakowie pochodzą z końca wieku XVIII. Jednak Orkiestra Symfoniczna - o statusie zawodowego zespołu pod kierownictwem Feliksa Nowowiejskiego - powstała dopiero w 1909 i działała aż do września 1939 roku. W okresie swojego trzydziestoletniego istnienia była agendą Związku Zawodowego Muzyków Polskich w Krakowie, zrzeszając muzyków zawodowych pracujących w różnych lokalach, kawiarniach i w niemych kinach. Związek miał na celu obronę interesów bytowych zrzeszonych muzyków, dbałość o poziom artystyczny ich produkcji oraz propagowanie w społeczeństwie kultury muzycznej poprzez organizowanie koncertów symfonicznych.

W czasie I wojny światowej Związek zawiesił działalność. Po reaktywacji w 1919 roku powstał 80-osobowy zespół, który jako Orkiestra Symfoniczna 18 maja tego roku zainaugurował działalność koncertową występem dla uczczenia 100. rocznicy urodzin Stanisława Moniuszki. W pierwszych latach po reaktywacji zespół koncertował sporadycznie, jednak w kolejnych sezonach liczba koncertów systematycznie wzrastała, zwłaszcza po dotacji Magistratu w początkach lat dwudziestych. Zdarzało się, że w sezonie koncertowym bywało nieraz ponad 20 imprez. W tym okresie orkiestra najczęściej występowała pod batutą takich mistrzów jak: Zdzisław Górzyński, Piotr Stermich-Valcrociata, Bolesław Wallek-Walewski, Adam Dołżycki, Walerian Bierdiajew. W programach figurowały symfonie: Haydna, Beethovena, Berlioza, Brahmsa, Czajkowskiego, uwertury i poematy symfoniczne: Liszta, Karłowicza, Straussa, Debussy'ego i wiele innych utworów symfonicznych. Wykonywano również koncerty instrumentalne, a także dzieła oratoryjne.

W roku 1937 Zarząd Towarzystwa Muzycznego utworzył w swoich ramach samodzielną sekcję o nazwie Filharmonia Krakowska. Po rezygnacji Towarzystwa z tej agendy, inicjatywę przejęło Krakowskie Biuro Koncertowe Eugeniusza Bujańskiego, prowadzące zawodowy impresariat muzyczny i organizujące koncerty na własny rachunek. Zespół pod nazwą Krakowska Orkiestra Symfoniczna koncertował aż do wybuchu II wojny światowej – po raz ostatni 21 V 1939 pod dyrekcją Bronisława Wolfstahla. Wykonano wówczas V Symfonię Beethovena oraz Koncert skrzypcowy E. Młynarskiego wraz z solistką Ireną Dubiską.

Podczas wojny, na rozkaz Generalnego Gubernatora Hansa Franka w lipcu 1940 roku powstała tzw. Filharmonia Generalnego Gubernatorstwa. Orkiestrę Filharmonii GG tworzyli polscy muzycy zawodowi (wybitni instrumentaliści, profesorowie szkół muzycznych, byli członkowie Filharmonii Poznańskiej i Warszawskiej). Jedynym Niemcem w zespole był koncertmistrz I skrzypiec, Fritz Sonnleitner. Orkiestrą dyrygował najpierw Hans Rohr, II dyrygentem był Rudolf Erb. Po nagłej śmierci Rohra stanowisko dyrygenta otrzymał w 1942 r. Rudolf Hindemith (brat kompozytora Paula Hindemitha), a w 1944 r. Hans Swarowsky. W ówczesnych warunkach orkiestra stanowiła dla muzyków pewnego rodzaju enklawę. Dzięki legitymacjom muzycy unikali wywózek na roboty do Reichu, powołań do Baudienstu oraz transportów do Oświęcimia. Ten niewątpliwy immunitet był zasługą Rohra, dla którego muzyka i muzycy stanowiły największą wartość. Repertuar tamtych czasów obejmował głównie muzykę kompozytorów niemieckich i austriackich, m.in.: Bacha, Mozarta, Beethovena, Brahmsa, Straussa, ale od roku 1942, po zniesieniu zakazu wykonywania utworów kompozytorów polskich grano też muzykę narodową: Kurpińskiego, Chopina, Moniuszki, Noskowskiego, Karłowicza, Żeleńskiego, itd. Paradoksalnie, mimo tak trudnych warunków pracy i życia pod presją okupanta, orkiestra ta była jedną z najlepszych orkiestr europejskich w tym czasie jako „zespół znakomity o imponującej spoistości i zdolności ekspresyjnej”.

Po II wojnie światowej Filharmonia Krakowska powstała jako pierwsza w Polsce. Pierwszy koncert orkiestry symfonicznej miał miejsce 3 lutego 1945 r., wkrótce dołączył chór mieszany, a w dalszej kolejności także chór chłopięcy. Dysponując tak rozbudowanym aparatem wykonawczym, specyfiką repertuaru Filharmonii Krakowskiej stały się oratoria, regularnie prezentowane w bieżących programach (często w zabytkowych kościołach Krakowa) oraz w programach licznych światowych festiwali muzyki sakralnej. Jako ambasador kultury polskiej za granicą, Filharmonia Krakowska zasłużyła się szczególnie wykonując dzieła Karola Szymanowskiego - swego patrona od 1962 roku i Krzysztofa Pendereckiego. W Europie i świecie Filharmonia Krakowska obecna jest od przeszło 40 lat. Jej zespoły koncertowały w ponad 30 krajach - niemal we wszystkich krajach europejskich oraz w Iranie, Japonii, Kanadzie, Korei Płd., Libanie, Turcji i USA.

W Filharmonii Krakowskiej gościły najznakomitsze światowe zespoły symfoniczne, m.in. Orkiestra Filadelfijska /Eugene Ormandy/, Orkiestra Clevelandzka /George Szell/, Suisse Romande /Ernest Ansermet/, Orchestre National de la Radiodiffusion et Television Française /Manuel Rosenthal/, Jean Martinon, Pittsburska Orkiestra Symfoniczna /William Steinberg/, Orkiestra Filharmonii Izraelskiej /Zubin Mehta/, Filharmonii Czeskiej /Karel Ančerl, Vaclav Neumann/, Leningradzkiej /Jewgienij Mrawiński/, Moskiewska Orkiestra Kameralna /Rudolf Barszaj/, Virtuosi di Roma /Renato Fasano/, The Bach Ensemble /Joshua Rifkin/, Halle Orchestra Manchester /Stanisław Skrowaczewski/, Orkiestra Kameralna Jean-François Paillarda, Musica Antiqua Köln /Reinhard Goebel/. Koncerty prowadzili prominentni polscy dyrygenci, m.in. Zygmunt Latoszewski, Bogdan Wodiczko, Witold Rowicki, Jerzy Katlewicz, Kazimierz Kord, Jerzy Maksymiuk, Tadeusz Strugała, Krzysztof Penderecki, Antoni Wit i zagraniczni: Hermann Abendroth, Nikołaj Anosow, Roberto Benzi, Roger Desormiere, Dean Dixon, Antal Dorati, Konstantin Iwanow, Paweł Klecki, Helmut Koch, Kiryłł Kondraszyn, Rafael Kubelik, Gilbert Levine, Jean Martinon, Vladimir Ponkin, John Pritchard, Helmuth Rilling, Jerzy Semkow, Giuseppe Sinopoli, Volker Wangenheim, Carlo Zecchi, Roland Bader.

O randze instytucji świadczy także lista koncertujących w Filharmonii solistów: Victoria de los Angeles, Claudio Arrau, Gina Bachauer, Arturo Benedetti - Michelangeli, Cathy Berberian, Stanisław Bunin, Shura Cherkassky, Zara Dołuchanowa, Dorothy Dorow, Annie Fischer, Emil Gilels, Sidney Harth, Gary Karr, Nigel Kennedy, Leonid Kogan, Gidon Kremer, Nikita Magaloff, Witold Małcużyński, Yehudi Menuhin, Midori, Schlomo Mintz, Tatiana Nikołajewa, Lew Oborin, Garrick Ohlsson, Dawid i Igor Ojstrach, Vlado Perlemuter, Maurizio Pollini, Ruggiero Ricchi, Mścisław Rostropowicz, Światosław Richter, Artur Rubinstein, Izaac Stern, Daniel Szafran, Henryk Szeryng, Narciso Yepes, Yo - Yo Ma, Teresa Żylis - Gara. Obecna wysoka pozycja artystyczna Filharmonii im. K. Szymanowskiego udokumentowana jest głównie bieżącą działalnością koncertową. Obok cotygodniowych koncertów symfonicznych, Filharmonia organizuje także „Koncerty Uniwersyteckie” w auli Collegium Novum UJ, a ponadto recitale mistrzowskie, recitale organowe, koncerty umuzykalniające dla młodzieży (cykl "Musica - ars amanda") i dzieci. Ma swój znaczący udział w ożywieniu życia kulturalnego Krakowa - miasta wielkich tradycji.